2.职能上的潜在冲突。知识产权行政案件中，行政执法部门是证据收集和认定损害后果的主体部门。但司法判决结果具有公开性和透明性，在行使这些职能时，要求行政执法部门并未穷尽补偿措施，此时，可能存在职能上由互补转向互相取代的可能性，形成职能上的潜在冲突。

3.行为理念与机制的冲突。区域联动协作不畅并非仅因为法治不健全，更多的是因为权力机关在运用法律的理念和组织机制上存在的冲突。各部门受传统执法价值理念的影响，且长期存在行为程序、行为目的差异，在处理问题上无法得到有效衔接，过去的知识产权保护中，两者之间各自发挥自身职能，交叉较少，这种矛盾并不突出，但在强调知识产权保护的注重构建联动保护的大格局下，这种衔接上的断裂就极为明显。

（三）信息不对称是阻碍协调联动的技术障碍。

1.信息获取渠道不通畅。各部门的信息来源主要来自于上级部门，基层知识产权管理部门缺乏政策制定的能力，主要依靠上级政府政策指导工作，一方面上级部门制定的知识产权管理和保护针对地区性不强，无法切实转换为地区指导标准，另一方面行政部门的指导意见无法及时广泛的传达到同样具有知识产权保护职能的其他部门，这便在执法、司法上可能会出现信息获取不及时、不对称的情况。从而出现同案不同处理的问题。

2.信息不对称具有双向性。从行政执法角度分析，对于知识产权保护及侵权惩治问题，行政部门掌握大量的专业的监察信息、许可和处罚信息，居于市场信息的优势地位，执法人员接触基层市场频率较高能获取第一手信息的优势也非常明显，再加上专业的市场管理背景，从而在信息上与司法人员形成了不对等。一定程度上可能会存在知识产权行政执法部门垄断了违法行为的事实认定和处罚权，一方面加大了增加了协作成本，另一方面加大了司法机关的审判、监督难度。从司法审判角度分析，司法机关具有熟悉法律法规的天然优势，在建立加强知识产权司法制度的过程中形成了信息的不对等。法律信息的不对称是造成行政执法人员与司法人员认定证据和裁量、裁判时标准存在差异的主要原因，甚至有可能会存在行政诉讼发生。

（四）管理人员短缺，人才交流、培养机制未健全。

现阶段，从行政执法人员配置来看，知识产权管理和执法人员数量呈倒金字塔结构，尤其是基层行政执法部门，专业知识产权管理人员较少，但对于保护知识产权的基层力量，这是缓和纠纷以及打击知识产权侵权最重要的板块，人员配置不均衡是导致知识产权保护力度不足的重要客观问题。

从司法配置上看，法官配比数及总体专业水平是实现司法协同的强有力保障，从目前法官配置来看看，基层法官配置不均衡、配置不合理是化解知识产权纠纷，发挥知识产权司法能动性的重要阻碍。

同时，区域间未建立执法、司法人才沟通交流机制，执行效能不足是目前人才交流的一大障碍，而对于实际执行中合作层级合作部门都还未出统筹全局性的政策，未建立起知识产权领域的人才交流机制，主要原因是跨部门交流存在系统调节、交流时间、地域、职级、绩效考评等限制，需要借力于政府部门的整体平衡。