2.程序上的协同保障机制不到位。如何处理好区域经济发展产生的跨部门、跨区域纠纷是区域协调保护亟需攻克的难题，以此增强区域知识产权保护法治保障水平。这便要求区域内和区域间的行政司法机关建立起常态化、系统化的协同机制，实现行政、司法机关在执法、审判、送达、保全、执行、宣传、人才共建等资源上的共享，目前要在法治程序中实现真正意义上的资源共享存在很大难度，已生效的涉知识产权处罚、，常常由于职权性、公共秩序保护等诸多原因在区域内、区域间难以得到承认与执行，究其原因是存在执法、司法上认识差异及冲突，此外，区域内处理知识产权纠纷仍以诉讼为主导，诉讼这一传统的争议解决方式在当前追求高效定纷止争的环境下，难以发挥其在知识产权保护领域内所有具有的优势。

（二）行为理念、职能与机制的潜在冲突。

1.权力行使的结构性矛盾。受“三权分立，分而治之”理念的影响，在传统的知识产权保护法治体制下，行政与司法是两个独立的权力运行模式，在各自的职权范围内发挥系统性作用，从而忽略了知识产权的系统性保护需要各方权力形成内在驱动力与外在执行力的系统联动关系。因此，协同模式是权利保护得以持久和系统的应有之义，只有实现行政、司法等子系统之间的协同运行，知识产权保护的法治的整体效果才能最终实现。